Raspberry Pi model B+ 購入当時から、画面右上に四角いカラーグラデーションが表示されていました。

Raspberry Pi2 model B ではこのような表示はなく、なぜ表示されるのか、どうすれば消すことができるのか、わかっていませんしたが、やっと原因がわかりました。
によると、Rainbow square が表示される場合は電圧不足だそうです。Rainbow square 以外にも Red square というのもあり、こちらは過温度の場合に表示されるそうです。また、警告表示されているとターボモードは無効になります。(Red square は全Pi対応。Rainbow square は B+ 以降)
Raspberry Pi3 では、さらに Yellow square というものもあり、CPUのコア温度が 80度を超えると表示されます。85度を越えると600MHzに強制的にクロックを落とします。これを避けるにはヒートシンクを付ける等の熱対策が必要になります。
Raspberry Pi model B+ は同時購入したスターターパックの AC アダプタを使っているのですが、これがまずかったようです。Pi2 の方は別電源を使っていたので大丈夫だったのでしょう。
せっかくの警告も意味が分からなかったら意味ないですね。もっと宣伝すればいいのにと思いますが…。
追記:
12 September 2016 以降のファームウェアでは、シンボルが変更になっています。(ファームウェアのアップデートはこちら)
Raspberry Pi3 では電力不足になりがちですので、稲妻マークが表示される場合には、電源を強化しましょう。Raspberry Pi3 では、2.5A 以上が推奨されますが、通常使用であれば 2A でも大丈夫だそうです。(公式の FAQにも書かれています。)しかし、粗悪な USB ケーブルだと十分な電力を供給することができない場合もあるので、USB ケーブルにも気を付けましょう。
稲妻マーク(lightning bolt symbol)



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