Raspberry Pi の CPU 温度は vcgencmd を使って取得できます。
$ sudo vcgencmd measure_temp temp=42.2'C
または cat コマンドを使って取得することもできます。
$ cat /sys/class/thermal/thermal_zone0/temp 42236
ただし、こちらの場合は1000倍した値になっています。
$ echo "scale=3; `cat /sys/class/thermal/thermal_zone0/temp` / 1000" | bc 42.236
bc を使えば1000分の1に変換することも可能です。
なお、Raspberry Pi3 では、CPUのコア温度が 80度を超えると画面右上に Yellow square という黄色四角が表示されます。85度を越えると600MHzに強制的にクロックを落とします。これを避けるにはヒートシンクを付ける等の熱対策が必要になります。